学校坚持“全面建设、重点突破、特色发展”的科研工作方针，充分发挥药物研发平台的优势，围绕区域经济和医药事业发展需要，践行创新驱动，大力推进科学研究，促进广东医药产业发展壮大和转型升级。
   学校拥有5个国家中医药重点研究室（三级实验室）、1个国家级科技企业孵化器、1个广东省重点研究机构、4个广东省重点实验室、4个广东省工程技术研究中心、4个广东省高校重点实验室（工程技术研究中心）和1个广东省“五个一科教兴医工程”重点实验室；设有中医药研究院、中药开发研究所、生物制药研究所、中心实验室和实验动物中心等校级研究机构。建立了涵盖化学药、中药和生物药以及药医结合的比较完整的研发创新体系。承担了包括国家新药创制重大专项在内的大批国家、省市科研任务；并以第一完成单位、第一完成人取得了包括国家科技进步二等奖、吴阶平医药创新奖、国家专利优秀奖、广东省科学技术一等奖等在内的一批重要研究成果。

二、国家级研究机构

三、省（部）级研究机构

四、博士后科研工作站

“广东药科大学博士后科研工作站”是由广东药科大学资产经营有限公司与广州市番禺区政府共同组建的广州大学城健康产业科技园投资管理有限公司申请成立，又名“广州大学城健康产业科技园投资管理有限公司博士后工作站”，于2011年2月经国家人力资源与社会保障部批准授牌。

工作站以广东药科大学所属的“广东省高校药物缓控释工程技术研究中心”、“广东省药物新剂型重点实验室”、“广东省生物活性药物研究重点实验室”、国家中医药管理局重点研究室“高脂血症调肝降脂研究室”及“广东省教育厅现代中药重点实验室与现代中药制剂教育部重点实验室”联合研究基地“实验动物中心”等为技术和平台依托，以广东药科大学师资作为智力支撑，下设“广州大学城健康产业产学研孵化基地”、“广州大学城健康产业产学研孵化基地联合实验室”、“公共实验室”等研究机构，具有一批国际先进的仪器设备，可供相关的科研人员进行药品类及健康产品的研究和开发。

工作站旨在为新药开发（包括新剂型、中药复方、生物技术药物、生物活性物质研究）提供支撑，为健康产业企业的孵化和的产学研合作提供平台；工作站的建设为广东药科大学在学科建设、人才培养、科研成果的转化等方面起到了重要的推动作用。